Le microbiome intestinal est l’ensemble des micro-organismes présents dans le tube digestif, ainsi que de leurs gènes et de leurs activités. Il comprend notamment de nombreuses bactéries qui participent à la digestion, à la transformation de certains nutriments et à la production de métabolites utilisés par l’intestin.
Sa composition varie d’un animal à l’autre et peut évoluer rapidement sous l’influence de l’alimentation, de l’âge, du stress, de l’environnement, des traitements ou d’une maladie. Les recherches montrent d’ailleurs que les proportions de fibres, d’amidon et de protéines peuvent modifier le microbiome intestinal des chiens et des chats.
On parle de dysbiose lorsque l’équilibre ou le fonctionnement de cet écosystème est perturbé. Une dysbiose peut accompagner certains troubles gastro-intestinaux, mais elle ne permet pas, à elle seule, d’en identifier la cause.